Fatih Camii ve külliye binaları Bizans'ın büyük değer verdiği On İki Havâri Kilisesi'nin kalıntıları üzerine yapılmıştır. Bu seçim, İstanbul'un silüetine Türklüğün ve İslâmiyet'in damgasını da vurmuş oluyordu. Atik Sinan tarafından inşa edilen camii, zamanla depremler yüzünden tahrip olarak yıkılmıştır. Bugünkü Fâtih Camii ilkinden çok farklı olmakla beraber bazı yerlerinde eskisini hatırlatan iz ve kalıntılar mevcuttur.