Bu camiyi diğerlerinden ayıran, mimarî değeri ve konumudur. Üsküp Kalesi’nin alt kesiminde, tarihî Türk Çarşısı'nın üst tarafındadır. Şehrin her yerinden rahatça görülebilmektedir. Akşam saatlerinde, huzur ve zarafetin simgesi olarak karşımıza dikilen harikulâde silueti, önünden geçenleri büyülemektedir.

Mustafa Paşa Camii, Sultan II. Bayezid ve Yavuz Sultan Selim Han dönemlerinin idarecilerinden Mustafa Paşa tarafından, 1492 yılında inşa ettirilmiştir. Caminin ön avlusunda, büyük bir şadırvan bulunmaktadır. Şadırvanın suyu, suyoluyla, Üsküp Karadağı’ndan gelmektedir.

Caminin mimari yapısı, sade ve ahenklidir. Kare planlı bu ibadet mekânının, çapı 16 metre civarında olan, görkemli bir kubbesi vardır. Bir sıra kesme taş, bir sıra tuğladan yapılmış duvarları ve kubbe kasnağı, bu camiye göz alıcı bir görünüm kazandırılmıştır.

Caminin ön tarafındaki son cemaat yeri revakı, etkileyici bir görünüme sahiptir. Revak ve sütunlar, mermerden yapılmıştır. Caminin sağ yanında, 47 metre civarında, ince uzun bir minare yer almaktadır. Kesme taştan inşa edilen bu minarenin, 138 basamaklı, yelpaze merdivenleri vardır.

Mustafa Paşa Camii'nin, ahşap giriş kapısı kanatlarının üstündeki dörtgen tablalarda Kur’an ayetleri bulunmaktadır. Her iki tabla içinde, sadece ikişer kez yazılmış olmasına rağmen, aynı metin değişik açılardan dört kez okunabilmektedir.

Giriş kapısının karşısındaki mihrap ve mihrabın sağındaki minber, mermerden yapılmıştır. Son cemaat yeri revakında ise bitkisel süslemelere yer verilmiştir. Duvarlarda, Allah (c.c), Hz. Muhammed (s.a.v) ve sahabe adları ile Kur’an ayetlerinin hüsnühatla yazılı olduğu levhalar bulunmaktadır.

Balkan Harbi esnasında askerî depo olarak kullanılan Mustafa Paşa Camii, çeşitli tahribatlara uğramıştır. Bunlardan en etkilisi 1963 depremidir. Caminin kubbesinden duvarlarına, oradan temellerine kadar ulaşan çatlaklar oluşmuştu. 1968 yılında, depremin yol açtığı hasarın ortadan kaldırılması maksadıyla, çalışmalara başlandı. Daha sonraki yıllarda uzun dönem bakımsız bırakılan Mustafa Camii, en son, beş yıllık bir restorasyonun ardından, 2011 yılında yeniden ibadete açıldı.

Caminin iç mekânı zengin süslemelere sahiptir. Duvarlarındaki süsleme motifleriyle, son cemaat yeri revakının iki orta sütununda bulunan eski metal çemberler üzerindeki ve Mustafa Paşa’nın kızı Ümmi Hatun’un kabri üstündeki lâhitlerdeki süsleme motifleri arasında üslûp yakınlığı bulunmaktadır.

Caminin yanında, 1912’ye kadar hizmet veren, bir imaret ve avlusunda birkaç bina inşa edilmişti. Külliyeye dâhil olan bu yapılardan, günümüze ulaşabilen yoktur. Sadece 1519’da vefat eden Mustafa Paşa’nın türbesi ve kızı Ümmi Hatun’a ait kabir ayaktadır.

Avludaki gül deryası ve meyve ağaçlarının arasından; şehrin Müslüman mahallelerine ve eski çarşıya doğru seyre daldığınızda sanki Anadolu’daki bir şehrin siluetini bakmış olursunuz.