Hünkâr Camii, Saraybosna’nın kurucusu İshakoğlu İsa Bey’in emriyle, 1457 yılında Milyatska Nehri’nin üst tarafında inşa edilir. İlk yapısı ahşaptan olan Hünkâr Camii, 1480 yılında, Sırp despot Vuk Grgureviç’in bu şehri yağmalaması esnasında büyük hasar görür. 1565 yılında, aynı yerde şu anki kâgir hâliyle, yeniden inşa edilir.

1759 yılında, camiye bir kütüphane ilave edilir fakat 1912’de yıkılmış, bünyesindeki kitaplar, Gazi Hüsrev Bey Kütüphanesine nakledilmiştir. 1848 yılında caminin iki yanına kanatlar ilâve edilir. 1853 yılında ise muvakkithane, imam ve müezzin odaları ile şadırvan inşa edilir.

1912 yılında, şehrin Avusturya Macaristan dönemindeki inşasında önemli rol oynayan, mimar Karl Paržik, Ulema Meclisi binasını tasarlamıştır ve bunu Hünkâr Camii ile bütünleştirmiştir.

Milyatska Nehri boyunca Başçarşı’ya doğru ilerlerken, yeşil ve krem renklerin ahenkle bir araya geldiği Hünkâr Camii rahatlıkla görülür. Cami, ferah bir iç mekâna ve yüksek kalitede dekoratif detaylara sahiptir.

Kare planlı harimi, Bosna Hersek’in en büyük tek kubbesi örter. Caminin esas revakı üçlüdür. Daha sonra, cami avlusunun iki yanına, dörder kubbeli, revaklar yapılmıştır. Yan cephelerin alt sırasındaki üçer pencere, yapıya kanatların ilâvesiyle kapatılmış; üst pencereler ise kullanılmaz olmuştur.

Mavi tonların hâkim olduğu, yüksek bir görünüme sahip olan mermer mihrabı, sade geometrisi, bitki motifleri, âhenkli ve zarif yapısıyla dikkat çekicidir. Mermerden oyma minberi de sade bir mimariye sahiptir.

Sağdaki minaresi, Bosna’nın en güzel eski örneklerindendir. Rumeli’deki camilerin çoğunda görüldüğü gibi gövdesi pahlı, sekizgen biçimlidir. 118 basamaklı minare, caminin yapısına nispetle oldukça yüksektir.

Hünkâr Camii, Başçarşı’nın karmaşasından uzaklaşmak isteyenler için, en ideal adreslerden bir tanesidir. Genişçe avlusunun ortasında bir şadırvan vardır. Bahar ve yaz aylarında, kuşların cıvıltısı ve şadırvandan akan suyun şırıltısı birbirine karışır. İnsana huzur veren bu mekânın bir diğer güzelliği de dört bir yanı süsleyen rengârenk çiçeklerdir.

Caminin haziresinde, pek çok eski kabir bulunmaktadır. Minare yakınındaki Şeyh İbrahim Bistirigi’ye ilaveten, Yençeri Ağası Bosnalı Abdullah Ağa ve Vali Bosnalı Muharrem Paşa burada meftundur. Mihrabın arkasında bulunan iki eski mezar taşının, Saraybosna'nın kurucusu İshakoğlu İsa Bey’in mezarı olduğu düşünülmektedir.

Osmanlı’nın Balkanlar’daki en güzide eserlerinden biri olan Hünkâr Camii, Bosna Savaşı esnasında saldırgan Sırpların top atışlarına maruz kalmıştır. Haremine bir havan topu düşer. Kubbesi çok sayıda mermi ve şarapnelin hedefi olur.

Hünkâr Camii, Türkiye’nin yardımlarıyla, tüm yaralarını sardı. Hali hazırda bu camide vakit ve cuma namazlarının yanı sıra Kur'an-ı Kerim kursu ve hafızlık eğitimi de veriliyor.