Küflü peynirlere alışığız ancak bekledikçe küflenen kaşar peynir bu türlerin arasında değil. Doğu Anadolu Bölgesi'nde küflü üretilen peynirler gönül rahatlığıyla tüketilebilirken sonradan küflenen kaşar peyniri tüketilmemelidir. Çünkü kaşar peynirinde sonradan oluşan küflerin sebebi sağlıksız saklama koşulları. Bu sebeple ortaya çıkan bu küfler genellikle kanserojen içermektedir. Özellikle küfün rengi kırmızı, bej veya siyahsa kesinlikle tüketilmemelidir. Bu tür küfler mide bulantısı, kusma gibi semptomlarla zehirlenmelere sebep olabilir. Hatta o kadar zararlı olabilir ki ölüme bile sebep olabilir. Küf, gıda zehirlenmesinden, bağışıklık yetersizliğine hatta ve hatta kansere sebep olan mikotoksinlerin üretilmesinde etkilidir.

Kaşar peynirin üzerinde yer alan küfün alınması küften tamamen kurtulduğu anlamına gelmez. Küfün gözle görülmeyen kalıntıları kaşar peyniri üzerinde kalacağından o bölgeyi kesip atıp yenilmesi zarardan kurtulmanıza etki etmeyecektir. Hele bir de kokusu keskin ve tadı da farlıysa o zaman kesinlikle o kaşar peynirinden uzak durulması gerekir. Kaşar peynirinin küflenmesinin önlenmesi için buzdolabında saklamalı ve havayla teması kesilmelidir.